捷克罗姆·雷希拉姆是口袋版本限定的精灵，黑2版可以获得捷克罗姆，妖怪白2版可以获得雷希拉姆。黑神黑通红蓝通关后，兽图神兽在冠军之路遇到N的文攻物索罗亚克，跟随它前往N的略宠城堡，打败城堡内的精灵N后获得暗石黑2或光石白2。带着暗石或光石前往龙螺旋之塔，关后菇在塔顶与捷克罗姆黑2或雷希拉姆白2发生战斗。分别暗黑酋雷姆与焰白酋雷姆是都黄酋雷姆与捷克罗姆或雷希拉姆合体后产生的精灵。在巨大洞穴捉到酋雷姆后，只圣获得酋雷姆的口袋形态转换道具基因之楔。在队伍中存在酋雷姆与捷克罗姆或雷希拉姆的妖怪情况下，对酋雷姆使用基因之楔，黑神黑通红蓝再选择捷克罗姆或雷希拉姆，兽图神兽合体出暗黑酋雷姆或焰白酋雷姆。在队伍中有空位的情况下，对暗黑酋雷姆或焰白酋雷姆再次使用基因之楔，可以让合体的两只精灵分离。暗黑酋雷姆合体成功时获得专用技能冰结电击，焰白酋雷姆合体成功时获得专用技能冰冷闪光，分离后技能消失。基因之楔分别有合体与分离两个效果，在进行合体或分离后切换，所以同一时间只能存在一只暗黑酋雷姆或焰白酋雷姆。在一周目剧情中，勾帕路翁首次在6号路出现，但并未发生战斗。之后勾帕路翁在13号路、代拉基翁在22号路、毕力吉翁在11号路出现，发生战斗。通关之后从菊老大之路前往地底遗迹。调查地底遗迹内室的石像，可以得到提示，在白天与夜晚分别可以看清不同的提示。白天的提示是：从眼珠开始，向下6、向右●，调查该位置。夜晚的提示是：从眼珠开始，向右9、向下●，调查该位置。退回外室，从地上的圆心图案开始，调查指定位置，开启机关。再次进入，调查中央的石像，通过神秘的门进入岩山之间，与雷吉洛克发生战斗。雷吉奇卡斯的实际位置位于螺旋山，可经过菊老大之路前往。需途经螺旋山冻结的岩石，队伍中携带雷吉洛克、雷吉艾斯与雷吉斯奇鲁，与雷吉奇卡斯对话可以发生战斗。通关之后，前往梦的遗址，在入口遇到拉帝亚斯白2或拉帝欧斯黑2。拉帝亚斯或拉帝欧斯在见面之后会向内移动，追赶多次之后发生战斗。如果追赶中途切换地图，拉帝亚斯或拉帝欧斯会重新回到入口。捕获拉帝亚斯或拉帝欧斯后，获得心之水珠。通关之后，从20号路南部前往心之空洞，遇到红豆杉博士。与红豆杉博士对话，由克希、艾姆利多、亚克诺姆出现并飞走了。由克希会在七宝市博物馆门前、艾姆利多在天堂之塔顶层、亚克诺姆出现在23号路固定位置出现。只有靠近指定地点调查，隐身的由克希、艾姆利多或亚克诺姆才会出现并发生战斗。在18号路寻找火山基石。携带火山基石前往反转山最深处，与席多蓝恩发生战斗。在陌生人之屋寻找新月之羽。通关后，携带新月之羽前往奇妙之桥，克雷色利亚出现。龙卷云、雷电云与土地云只能在口袋妖怪AR搜索器中捕捉。带着口袋妖怪AR搜索器捕捉的土地云前往丰饶之社，可以获得形态转换道具映照之镜，使龙卷云、雷电云与土地云在灵兽形态与化身形态之间切换。